上海交大魏冬青团队发现基于Transformer的多肽-HLA I类结合预测和疫苗的新生抗原序列设计

近日，国际知名期刊《Nature Machine Intelligence》在线发表了上海交通大学生命科学技术学院魏冬青团队的研究论文《Atransformer-based model to predict peptide–HLA class I binding and optimizemutated peptides for vaccine design》。生命科学技术学院2017级博士研究生褚晏伊和香港大学深圳医院的张艳博士为该论文的共同第一作者。生命科学技术学院魏冬青教授和熊毅副研究员为该论文的共同通讯作者。

人类白细胞抗原（HLA）和肽（pHLA）之间相互作用的计算预测可以加快表位筛选和疫苗。该研究开发了TransMut框架，包含了用于pHLA结合预测的TransPHLA和用于突变肽优化的AOMP程序，它可以推广到生物分子的任何结合和突变任务。

TransPHLA设计了Transformer衍生模型来预测pHLA的结合。在pHLA结合预测、新抗原鉴定和HPV疫苗鉴定方面，TransPHLA均优于现有的14种方法。基于TransPHLA开发的AOMP程序可用于疫苗设计，它可以自动优化突变肽，以搜索对目标HLA具有更高亲和力并与源肽具有高度同源性的突变肽。在3660个非结合pHLA中，有3630个源肽被成功突变。其中，94%通过IEDB的推荐方法得到验证，88%与源肽的同源性高于80%。

2022年疫苗创新国际论坛于7月23-24日在上海召开，会议将邀请国内外顶级专家共同探讨国际前沿的疫苗研发进展及科技创新，欢迎参加。

论文链接：https://www.nature.com/articles/s42256-022-00459-7